办公室是台湾研究所的综合性行政管理部门，负责全所文秘、办公设备及行政后勤保障等工作。主要职能包括： 承办中国社科院办公厅交办的各项工作；承办所长办公会议决定的有关事项；管理本所文秘、财务及预算执行、通信、基建、交通安全保卫、行政后勤、物业等内部事务；负责与外单位联系工作。

主 任： 田贺民
副主任： 杨磊 陈兆灵
成员： 凡晓元 沙秋苑